1 авг. 1899 г. в Исаакиевском соборе С.-Петербурга И. был хиротонисан во епископа Сумского, викария Харьковской епархии. 27 авг. 1900 г. освятил 2-этажное здание харьковского уч-ща для глухонемых, произнес «теплое, задушевное слово, вызвавшее слезы у присутствующих», благословил учредителя уч-ща свящ. Василия Ветухова иконой Спасителя. Возглавил Харьковское отд-ние попечительства о глухонемых (учреждено имп. Марией Феодоровной), открыл ремесленную школу в с. Кочеток и хутор-школу в слободе Клугиновка.
10 дек. 1901 г. И. был назначен епископом Нарвским, викарием С.-Петербургской епархии, стал ближайшим помощником митр. Антония (Вадковского). По поручению митрополита 20 янв. 1902 г. И. возглавил Комиссию для описания архива Александро-Невской лавры, учрежденную по инициативе С. Г. Рункевича. 7 февр. освятил в столице ц. в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» при приюте детей-калек и паралитиков Василеостровского отдела Об-ва попечения о бедных и больных детях, 11 марта - ц. во имя прп. Сергия Радонежского при 2-м реальном уч-ще. Содействовал основанию жен. общины, впосл. Покровского Пореченского жен. монастыря (ныне Покровский храм дер. Козья Гора Сланцевского р-на Ленинградской обл.), 10 дек. того же года Синод одобрил представленный И. проект этой обители.
8 февр. 1903 г. И. возглавил Тамбовскую и Шацкую епархию. Вместе с тамбовским губ. В. Ф. фон дер Лауницем И. принял деятельное участие в организации, а затем и в самом торжестве прославления мощей прп. Серафима Саровского, проявив «распорядительность, предусмотрительность», талант «выдающегося духовного администратора». Накануне торжеств по инициативе И. близ дорог, ведущих в Саровскую в честь Успения Пресвятой Богородицы пустынь, были устроены для богомольцев ок. 100 временных ночлежных бараков с часовнями, а также особые бараки «для заразных», «для буйных», колодцы и т. д. В каждой часовне постоянно находился чередной священник и певчие, совершались панихиды и молебны. Для служения в часовнях И. пригласил 30 иеромонахов из мон-рей Тамбовской, Нижегородской и Харьковской епархий, 30 священников Тамбовской епархии и ок. 150 послушников и причетников. 3 июля 1903 г. И. вместе с митр. Антонием, еп. Нижегородским Назарием (Кирилловым) прибыл в Саровскую пуст., отслужил заупокойную литургию и панихиду по старцу Серафиму, затем участвовал во всех основных богослужениях, крестных ходах и др. торжествах, в т. ч. связанных с посещением Сарова и Дивеева царской семьей. Составил акафист прп. Серафиму (Служба с Акафистом прп. Серафиму Саровскому. М., 1904), к-рый был принят Синодом (P. [Рец. на:] Служба и акафист прп. и Богоносному отцу нашему Серафиму, Саровскому чудотворцу. СПб., 1904 // Тамбовские ЕВ. 1904. № 24. Ч. неофиц. С. 648-650).
В 1904 г. И. восстановил Козловское викариатство, вдовствовавшее с 1869 г. более 30 лет, четко обозначив круг полномочий викария: пенсионное обеспечение духовенства, хозяйственные дела духовных уч-щ, ведение церковной документации (контроль за исповедными, метрическими, обыскными, приходо-расходными книгами), следственное производство по брачным делам и проч.
За 5-летний период управления И. епархией были построены просторное здание жен. епархиального уч-ща, неск. храмов, в т. ч. тамбовский во имя свт. Николая Чудотворца (1908), монументальный 5-купольный Михаило-Архангельский (1909) в с. Мордове, Покровский в Гавриловке (в имении А. Н. Сатиной), Свято-Троицкий (1908) в с. Вановье, в 1905-1906 гг. перестроен кафедральный Преображенский собор (кон. XVII в.). В Тамбовском ДУ была устроена домовая ц. во имя прп. Серафима Саровского (1904). Ремонтные и реставрационные работы проведены в Старо-Покровской (60-е гг. XVIII в.) и Варваринской (нач. XIX в.) церквах, в тамбовском в честь Казанской иконы Божией Матери мужском монастыре (перестроена Крестовая ц., новый иконостас для к-рой И. заказал московскому худож. И. Г. Лебедеву), в тамбовском в честь Вознесения Господня монастыре (в 1906-1908 отреставрирован Вознесенский собор, освящены боковые Никольский и Екатерининский приделы).
В 1904-1906 гг. И. тесно сотрудничал с ректором семинарии архим. Феодором (Поздеевским; впосл. архиепископ Волоколамский), поддерживал и инициировал мн. его духовно-просветительские начинания. С 14 нояб. 1904 г. по благословению И. в семинарии проводились публичные еженедельные воскресные чтения «по вопросам религиозно-философским и литературно-общественным». При поддержке И. архим. Феодор организовал для учеников 5-6 классов семинарии проповеднический кружок. Архиепископ определил для этого 4 приходские церкви (Варваринскую, Покровскую, Старо-Покровскую и Введенскую), где учащиеся «пробовали» себя в проповеднической деятельности на ранних литургиях. «Искренно радуюсь, что дело проповедничества становится живым, увлекающим собою молодых проповедников»,- писал И. в ответ на отчет архим. Феодора о деятельности проповеднического кружка (см. подробнее: ЦВед. 1905. № 37. С. 1586-1587; 1906. № 50. С. 313). В 1904 г. И. назначил архим. Феодора редактором неофиц. части Тамбовских ЕВ, поощрял инициативу архимандрита предоставлять страницы издания для обсуждения «общих пастырских интересов и вопросов и для обмена мыслей».
Время управления И. Тамбовской епархией омрачилось революционными событиями 1905 г. Часть семинаристов охватил, по определению И., «дух бунта». Так, в марте 1905 г. после попытки объявить забастовку 20 семинаристов были отчислены, в окт. того же года учащиеся вновь взбунтовалась, предъявили ректору петицию из 16 пунктов с требованием различных реформ. В итоге И. распорядился прекратить занятия в семинарии и распустить учащихся. После ряда мер, принятых архиереем, занятия возобновились.
25-27 янв. 1906 г. И. организовал 1-е пастырское собрание духовенства Тамбовской епархии, на к-ром архим. Феодор (Поздеевский) выступил с докладом о реформе духовных школ. Он заметил, что духовная «школа профессиональная и сословная, но она же и общеобразовательная. Отсюда постоянная борьба направлений светского и духовного, и перевес, кажется, на стороне светского». Архим. Феодор предлагал отделить «светский элемент» и создать «совершенно особый тип пастырской школы» для тех, кто искренно желает связать свою судьбу с церковным служением (ГА Тамбовской обл. Ф. 186. Оп. 112. Д. 1. Л. 61-62). Этот проект, несколько сократив и переработав, И. представил в Святейший Синод.
И. боролся против активизировавшихся на Тамбовщине с 1905 г. сект хлыстов, молокан и особенно баптистов. Выступая 5 янв. 1909 г. на епархиальном собрании духовенства, И. говорил о деятельности баптистских проповедников: «За последние три года нам приходится быть свидетелями того, как постепенно пробуждается и поднимает голову сектантство, как настойчивее требует оно от гражданской власти свободы своего вероисповедания, признания своих общин законом» (Тамбовские епархиальные вести. 1909. № 36. С. 1666). Одновременно к нач. XX в. в Тамбовской епархии остро встал вопрос о внутренней миссии, т. е. просвещении самих правосл. прихожан, поэтому существовавшее в Тамбове Казанско-Богородичное миссионерское братство И. преобразовал в Богородично-Серафимовское миссионерское просветительское братство. На епархиальном съезде духовенства 27 янв. 1907 г. все клирики стали членами этого братства. И. организовывал и особые миссионерские союзы среди приходского духовенства. Одним из первых был создан в 1906 г. миссионерский союз с центром в с. Митрополье, куда входили 5 приходов. Члены этого союза проводили общественные чтения, беседы, распространяли духовную лит-ру и т. д. Др. миссионерским начинанием И. стало появление специальных миссионерских курсов с целью обучения и воспитания помощников для миссионеров - т. н. правосл. начетчиков. Первые миссионерские курсы состоялись в г. Тамбове в февр. 1905 г., затем - в различных населенных пунктах, гл. обр. в селах с большим количеством сектантов. Участники курсов изучали Свящ. Писание, вероучение сектантов, учились грамотно полемизировать.
Убежденный монархист, И. поддержал организованный осенью 1905 г. Тамбовский союз русских людей, направил приветствие учредительному собранию союза и благословение - икону прп. Серафима Саровского. 23 апр. 1907 г. в тамбовском кафедральном соборе по окончании литургии И. возглавил церемонию освящения знамени и хоругви союза. Принимал участие в 4-м Всероссийском монархическом съезде, проходившем в Москве в том же году.
Во время русско-японской войны 1904-1905 гг. по благословению И. мон-ри, духовные школы, причты епархии собирали средства на военные нужды, на помощь раненым, инвалидам, вдовам и сиротам убитых воинов. Проводились целевые сборы: на иконы, передвижную церковь, храм на воинском кладбище в Маньчжурии. Личные пожертвования делал и сам И. Архиерей распорядился разместить в обителях ок. 600 раненых, а 119 детей погибших офицеров поселить в монастырских приютах. 17 марта 1905 г. имп. св. Николай II направил на имя И. телеграмму: «Сердечно благодарю вас, владыко, и церкви и монастыри Тамбовской епархии за благоговейное приношение подвижного храма-палатки во имя преподобного Серафима, Саровского Чудотворца для войск действующей армии. Я повелел доставить его в распоряжение главнокомандующего с тем, чтобы этот походный храм служил духовным нуждам частей шестого Сибирского корпуса, в составе которых находятся преимущественно тамбовцы» (Тамбовские ЕВ. 1905. № 11. С. 563).
После убийства московского губ. вел. кн. Сергея Александровича И. в числе др. архиереев служил в Чудовом московском мон-ре у гроба заупокойные службы. В слове, сказанном перед одной из панихид, И. восклицал: «Путь к своей свободе мятежники прокладывают насилием, поливают его, во имя той же свободы, кровью; устилают трупами царских слуг и верных советников! Воистину мы стали в студ и поношение у соседей и врагов наших! Чем дальше, тем больше покрывается позором лицо Земли Русской, даже Кремль Москвы благочестивой. Отколе солнце стоит на небе,- не слыхано, чтобы в государстве Русском, во время войн его тяжелых, совершались внутренние междоусобия и убийства» (ПрибЦВед. 1905. № 9. С. 382-383).
И. дважды вызывался в С.-Петербург для участия в заседаниях Святейшего Синода, был призван также к участию в трудах Предсоборного присутствия. В 1907 г. по поручению Синода выполнил ревизию Владикавказского ЕУ, в 1909 г.- ревизию Екатеринославской епархии.
7 дек. 1909 г. И. был назначен архиепископом Карталинским и Кахетинским, экзархом Грузии, членом Синода. Назначение на Кавказ состоялось в трудное время - после убийства в 1908 г. экзарха архиеп. Никона (Софийского) активизировалась борьба за автокефалию Грузинской Церкви. Прощаясь с тамбовской паствой, И. признавался: «При известии о новом предстоящем труде... встало в сердце тревожное опасение, не найти бы и мне там на далекой чужбине своей могилы» (Там же. 1910. № 5. С. 182). 25 янв. 1910 г. в Сионском соборе Тифлиса (Тбилисском Сиони) И. призвал клириков и паству к единству, напомнил, что «и грузин, и русский, и грек, и мингрелец - все братья во Христе» (Там же. № 6. С. 226-227). Возглавив Грузинский Экзархат, И. снискал доверие населения, «внес в службу и брожение паствы умиротворение и порядок», пользовался всесторонней поддержкой наместника Кавказа гр. И. И. Воронцова-Дашкова. Одновременно И. управлял мон-рем Марткопи. 13 февр. 1911 г. совершил хиротонию ректора Тифлисской ДС архим. Пимена (Пегова) во епископа Бакинского, викария Карталинской епархии. В новом здании Тифлисского реального училища И. освятил ц. во имя свт. Иоанна Златоуста (1912). По поручению И. при женских монастырях в Бодбе, Самтавро, Мамкоди были организованы курсы по подготовке сестер милосердия. С той же целью в Тифлисе учреждено братство св. Надежды (1912).
Почетный член МДА (с 1911), КазДА (с 1912), действительный член Церковно-благотворительного общества памяти прот. св. прав. Иоанна Кронштадтского. Награжден панагией с драгоценными камнями (1903), бриллиантовым крестом для ношения на клобуке (1910). Скончался от паралича сердца в столичном доме Духовного ведомства. В день смерти приобщился Св. Таин. Погребен, согласно завещанию, на братском Никольском кладбище Александро-Невской лавры, рядом с могилой митр. Антония (Вадковского).